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よっぽど書きにくくなるのであれば先に絵をかいて保護しながら組み立てるのもありですが、
やはり組み立てのあと絵付けの方がいいと思われます。

どんな絵をかくかにもよりますが、絵の具にはよくアクリル絵の具を使う事が多いですね。

そしてその上に塗料（ニス）をぬったりしますね。

odougubakoさん、こんにちは。

Yonegonです。

一般的に、組み立ててから絵を描いたり塗装したりしたほうがいいと思います。塗装は最後の仕上げなので、塗装してから組み立てて、組み立ててる間に傷がついてしまったりすると、また塗装し直さなければいけないからです。

絵を描く方法ですが、どんな風合いの絵にするかによっていくつか種類があります。このサイトの木工Wikiのページに木に絵をつける方法の一つであるトールペインティングについて書いています。ご参考になれば幸いです。